L’attestazione più antica rinvenuta fin ora dell’esistenza di Mozzanica è una pergamena che attesta la transizione patrimoniale di alcuni possedimenti nella circoscrizione di Bergamo tra il prete Giovanni della diocesi di Milano e il vescovo di Cremona Landolfo. La data riportata è 15 luglio 1018.
Si afferma che a Mozzanica esisteva un castrum dall’inizio del XI secolo, luogo fortificato che non possedeva abitazioni esterne.
Con la caduta dell’impero carolingio e la crescita demografica in seguito alle scoperte in ambito agrario e delle coltivazioni, la popolazione cominciò a costruire nuovi nuclei abitativi anche esternamente alla cinta muraria.
L’esistenza di una chiesa e di un’organizzazione ecclesiastica si trova la sua conferma in un documento del 3 novembre 1022 dove si nomina un Bonizone “presbiter de loco Mozanica”. L’esistenza di una chiesa di Mozzanica è certificata in una pergamena del 1203 dove compare il titolo di Santo Stefano. Si deduce inoltre che la chiesa possedeva un consistente patrimonio terriero situato a Mozzanica.
La chiesa mozzanichese nei primi secoli dipendeva dalla pieve di Fornovo San Giovanni: la pieve era una suddivisione della diocesi e ogni pieve faceva capo ad una chiesa dotata di battistero dalla quale dipendevano tutte le altre. La pieve di Fornovo si estendeva da Pianengo a Brignano G. A. e da Caravaggio a Camisano. La dipendenza della chiesa di Mozzanica da quella di Fornovo andò ridimensionandosi, ma ancora nel secolo scorso i parroci Mozzanichesi si recavano a Fornovo per ritirare gli oli consacrati il giovedì Santo nella cattedrale di Cremona.
La presenza di un edificio ecclesiale risale alla fondazione del castrum, era infatti consuetudine che gli antichi borghi fossero dotati di una cappella detta anche chiesa “propria”.
Dopo il X secolo anche gli abitanti del nucleo esterno sentirono l’esigenza di dotarsi di una propria chiesa e il rapporto tra la chiesa esterna e quella del castrum hanno influenzato l’organizzazione ecclesiale di Mozzanica. La chiesa parrocchiale più antica (già nel XIII secolo) era quella del borgo esterno anche se già due secoli dopo si intuisce un decadimento di quest’ultima a favore di quella all’interno delle mura che assumeva così un ruolo di primaria importanza.
Nel 1565 la chiesa interna è dotata di fonte battesimale, infatti in un documento successivo (1645) si legge che il fonte fu spostato per ragioni di sicurezza, dal momento che durante le guerre la porta del castello veniva chiusa. Nonostante il trasferimento del Fonte la chiesa esterna continuava tuttavia a conservare una certa importanza, tanto che i parroci del paese si recavano a prendere possesso anche di questa. Mozzanica era così dotata di due chiese dedicate al medesimo patrono, Santo Stefano, una all’esterno e una all’interno delle mura.
Una peculiarità della chiesa mozzanichese era il giuspatronato di una nobile famiglia locale la quale sceglieva il parroco che doveva presiedere le funzioni religiose e occuparsi della comunità dei fedeli, la nomina ufficiale spettava però al vescovo che poteva anche opporsi alla scelta della nobile famiglia. La famiglia cui spettava questo privilegio era, come si legge nei documenti, la famiglia Vassalli.
Risulta inoltre che su istanza inoltrata dal parroco Bernardo Moroni, il vescovo di Cremona, S.E. Mons. Ludovico Settala, il 2 novembre 1688 decorò la Parrocchia con il titolo di Prepositura.